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　　后來，田令孜與河中節(jié)度使王重榮爭(zhēng)奪鹽利，以朝廷名義改任王重榮為泰寧節(jié)度使。王重榮不聽調(diào)令，并聯(lián)合河?xùn)|節(jié)度使李克用，在沙苑擊敗前來征討的朝廷禁軍，率軍直逼京師。唐僖宗大驚，逃往鳳翔。各鎮(zhèn)節(jié)度使紛紛上表，指責(zé)田令孜挑起事端，離間藩鎮(zhèn)。蕭遘素來憎惡田令孜，便與裴澈聯(lián)名致信給邠寧節(jié)度使朱玫，讓他率軍前來。
　　光啟二年（886年），朱玫率五千兵馬前往鳳翔迎駕，并與王重榮、李克用修好，要一同匡扶唐室。各藩鎮(zhèn)也相繼上表，請(qǐng)求皇帝返回長(zhǎng)安。田令孜卻脅迫僖宗前往陳倉(cāng)（今陜西寶雞），倉(cāng)促之下，百官都來不及隨從。不久，孔緯奉命返回鳳翔，召百官赴陳倉(cāng)。蕭遘因田令孜還在僖宗身邊，稱病不肯前往。
　　不久，朱玫對(duì)蕭遘道：“主上六年來奔波流離，中原軍民與賊血戰(zhàn)，十死七八，這才收復(fù)京城。天下正為皇帝回京而高興，皇帝卻把平叛大功歸于田令孜，委以大權(quán)，致使朝綱法紀(jì)遭到踐踏，引出王重榮之亂。我前來勤王，不但沒有受到信任理解，反而成了脅迫君主，我們?cè)跄苁芑鹿俚臄[布。李氏子孫眾多，您為什么不另立皇帝，以匡扶社稷呢？”
　　蕭遘道：“皇帝繼位十幾年，沒有什么大錯(cuò)。田令孜擅攬大權(quán)，皇帝每次提及，都流涕不止。如今之事，皇帝本無意遷移，無奈被田令孜挾持而走。一切罪過都在田令孜身上，誰人不知？你對(duì)皇室盡心效力，應(yīng)當(dāng)率軍回到鎮(zhèn)所，進(jìn)呈表章迎接皇上。廢立之事，連伊尹、霍光都曾感到為難，我蕭遘不敢遵命�！敝烀党鋈ズ螅�公開宣告道：“我要擁立李氏王子為帝，敢反對(duì)者斬！”
貶官賜死
　　四月，朱玫立襄王李煴為帝，請(qǐng)蕭遘起草登基詔書。蕭遘推辭道：“我近來文思減退，還經(jīng)常讓人代筆，您還是請(qǐng)別人來寫吧�！敝烀挡粣偅�只得讓鄭昌圖草詔。五月，李煴返回長(zhǎng)安，將蕭遘罷為太子太保。蕭遘于是上表稱病，退居河中永樂縣。
　　十二月，朱玫部將王行瑜倒戈，殺死朱玫，李熅逃往河中，也被王重榮斬殺。[12]光啟三年（887年），唐僖宗返回長(zhǎng)安。宰相孔緯因與蕭遘不和，便以蕭遘曾接受李煴任命的官職為由，上奏朝廷將他貶官。不久，蕭遘又被賜死在永樂。
軼事典故
　　王鐸是蕭遘科舉時(shí)的主考官，唐僖宗在蜀地時(shí)，二人同時(shí)拜相。一次，僖宗召見宰相，王鐸不慎跌倒，蕭遘從旁將他扶起。僖宗非常高興，道：“宰相和睦，是我的幸事啊�！庇謱�(duì)蕭遘道：“你能尊重長(zhǎng)者，我很高興�！笔掑艽鸬溃骸俺挤鐾蹊I不僅僅是尊重長(zhǎng)者，臣還是王鐸的門生�！辟易谛Φ溃骸巴蹊I選進(jìn)士，朕選宰相，都沒有虧負(fù)卿啊�！�
家庭成員
　　據(jù)《新唐書·宰相世系表》記載，蕭遘出身于蘭陵蕭氏，是后梁明帝蕭巋的后人，他的五世祖蕭嵩、高伯祖蕭華、曾祖蕭復(fù)、族祖蕭俛、蕭仿、父親蕭置，都曾在唐朝擔(dān)任宰相。
　　而根據(jù)《蕭江全譜》、《溪南江氏族譜》等譜牒記載，蕭遘生有七子，其次子蕭禎，在朱溫篡唐之時(shí)，指江為姓，改姓為江，隱居在徽州（今安徽歙縣），是為蕭江氏一世祖。