知重慶府，負(fù)責(zé)四川防務(wù)。余玠赴任后，革除弊政，實(shí)行輕徭薄賦、整頓軍紀(jì)、除暴獎賢、廣納賢良、聚小屯為大屯等政策。采納播州人冉氏兄弟建策，采取依山制騎、以點(diǎn)控面的方略，先后筑青居、大獲、釣魚、云頂（今四川南充南、蒼溪東南、合川東、金堂南）等10余城，并遷郡治于山城。又調(diào)整兵力部署，移金州（今陜西安康）戍軍于大獲；移沔州（今陜西略陽）戍軍于青居；移興元（今陜西漢中）戍軍于合州（今合川東釣魚城），共同防守內(nèi)水（今涪江、嘉陵江、渠江）；移利州戍軍于云頂，以備外水（即岷江、沱江）。諸城依山為壘，據(jù)險設(shè)防，屯兵儲糧，訓(xùn)練士卒，經(jīng)數(shù)年建設(shè)，逐步建成以重慶為中心，以堡寨控扼江河、要隘的縱深梯次防御體系，邊防稍安。六年（蒙古貴由元年），蒙古分兵四道入蜀，余玠繼多次戰(zhàn)勝蒙古軍進(jìn)攻之后，依靠新建立的山城防御體系，又打退了蒙古軍的進(jìn)攻。宋淳祐十年（蒙古海迷失皇后二年），余玠調(diào)集四川各路精銳，誓師北伐。以一部兵向隴蜀邊界出擊；自率主力，取金牛道向漢中（今屬陜西）進(jìn)發(fā)，三戰(zhàn)連捷。次年四月，余玠率軍號10萬進(jìn)占漢中西之中梁山，潛軍燒毀漢中至大散關(guān)（今陜西寶雞西南）棧道后，率軍圍漢中數(shù)重，晝夜急攻。蒙古軍修復(fù)棧道，各路援軍會至。余玠久攻不克，兵老師鈍，只好撤軍。宋淳祐十二年（蒙古蒙哥汗二年），余玠率軍擊退進(jìn)攻嘉定（今四川樂山）的蒙古軍，四川抗蒙形勢日益好轉(zhuǎn)。
抗蒙戰(zhàn)爭
　　余玠在四川，開屯田以備軍糧，整頓財賦，申明賞罰。修筑山城和抗蒙有功將士，都得到獎掖。違法的將官，受到懲處。利州都統(tǒng)制王夔兇殘跋扈，號稱“王夜叉”，不聽余玠調(diào)度，到處劫掠。余玠依軍法斬王夔。經(jīng)過余玠的整頓，四川駐軍聲勢大振。蒙古軍多次自西蜀來侵?jǐn)_，都被宋軍打退。
　　余玠守蜀有功，宋淳佑八年（1248年）被任為兵部尚書，拜資政殿學(xué)士，仍駐四川。宋淳祐九年（1249年）又任右丞相兼樞密使。宋淳佑十二年（1252年），蒙古汪德臣（汪世顯子，汪世顯已死）部侵掠成都，圍攻嘉定。余玠率部將力戰(zhàn)，再次打退蒙古軍。余玠抗戰(zhàn)獲勝，謝方叔卻設(shè)法迫害余玠。
服毒自殺
　　宋寶祐元年（1253年），因與統(tǒng)制姚世安不和，姚世安以宰相謝方叔為援，謝方叔和參知政事徐清叟等向宋理宗誣告，攻擊余玠獨(dú)掌大權(quán)，卻不知事君之禮。宋理宗聽信讒言，召其還朝。余玠知有變故，憤懣成疾。同年7月，余玠在四川被迫服毒自殺。
　　余玠死后，宋理宗輟朝，特贈五官。次年，朝廷權(quán)奸削去余生前職務(wù)并迫害家屬和親信。余玠部下王惟忠，也被誣告潛通蒙古，處死。
家庭成員
　　據(jù)華埠鎮(zhèn)一山《余氏宗譜》載：宋高宗南渡，其先祖椿年舉家遷徙至衢之開化，住居金水芳山（即今村頭芳林）。慶元戊午年（1198年）十二月辛未，其母鞏氏感異夢而生余玠。
　　子：余如孫，取“當(dāng)如孫仲謀”之義，遭論改余師忠，歷大理寺丞，為賈似道所殺。
紀(jì)念遺址
后世紀(jì)念
　　余玠薨于重慶。其子余如孫奉旨扶公之柩，安葬于溧陽荊山之原。[16]  后來，故鄉(xiāng)人民紀(jì)念他，為其造衣冠冢，墓址在今太平山風(fēng)景區(qū)橫江（崗）山下青蒿村余公林。東邊是滄浪書院景區(qū)，西邊是梅川的源頭。為了紀(jì)念英雄余玠，當(dāng)時廣濟(jì)縣用余姓作為地名，余川，余蒷由此命名。蜀人得知余玠抱恨而死，又興建“余玠遺愛碑”及“余公祠”。在其故鄉(xiāng)修水縣，將余玠列為宋元八賢之一，入“八賢祠”。
人物遺跡
　　2010年5月，南宋抗蒙山城體系締造者余玠（即南宋抗蒙最高軍事長官）的帥府所在地在重慶渝中區(qū)被發(fā)現(xiàn)。位于渝中區(qū)望龍門街道的巴縣衙門，后該地下考古現(xiàn)場開始發(fā)掘。該處小地名叫老鼓樓，按照考古學(xué)慣例，這個遺址被命名為老鼓樓遺址。至此，抗蒙山城體系已經(jīng)完全清楚：核心級的指揮部就是如今發(fā)現(xiàn)的老鼓樓衙署；次級為釣魚城、白帝城、瀘州神臂城等；三級有南充苦竹隘等；四級如渝北多功城等。