一樣，不僅研究文學(xué)，也帶上政治色彩。
　　那時(shí)，桐城阮大鋮，是魏忠賢閹黨的余黨，崇禎初即被列入“逆案”名單。方的同學(xué)錢(qián)澄之曾加入阮大鋮退居養(yǎng)晦時(shí)所創(chuàng)建的江社，經(jīng)方以智勸阻后，又退出江社�！跺X(qián)田間年譜》崇禎五年（公元1632年）條下記載了這件事：“方密之吳游回，與府君（即錢(qián)澄之）言曰：吳下事與朝局相表里，先辨氣類(lèi)，凡閹黨皆在所擯。吾輩奈何奉為盟主？曷早自異諸！“吳下事”指張溥，張采成立復(fù)社的事�！氨鏆忸�(lèi)”就是要分清東林、復(fù)社與閹黨的界限。這樣一來(lái)，錢(qián)澄之轉(zhuǎn)而參加澤社的文課，凡江社的會(huì)期都辭謝不赴。而作為“鄉(xiāng)先輩”的阮大鋮開(kāi)始對(duì)方產(chǎn)生仇隙。南都的《留都防亂公揭》
　　崇禎七年（公元1634年），桐城“民變”，方以智移居南京。結(jié)交天下名士有黃宗羲、吳應(yīng)箕、陳貞慧、冒襄、侯方域、顧杲、沈昆銅、陳梁等人。
　　崇禎十年（公元1637年）他們大會(huì)東林黨被害六君子的孤兒周茂蘭、魏學(xué)濂等于桃葉渡。方以智和陳梁曾寫(xiě)長(zhǎng)詩(shī)紀(jì)事，為東林黨揚(yáng)聲吐氣。這時(shí)阮大鋮寄居南京，談兵說(shuō)劍，聯(lián)絡(luò)各方，希圖再起。
　　崇禎十二年（公元1639年）陳貞慧與吳應(yīng)箕共同起草驅(qū)逐阮大鋮的宣言《留都防亂公揭》。公揭以東林創(chuàng)始人顧憲
　　成之孫顧杲以及黃宗羲為首署名，共計(jì)一百四十人。阮大鋮在千夫所指之下，隱藏到城外牛首山，不敢進(jìn)城。盡管方以智這年春天回桐城，秋后重來(lái)南京應(yīng)試，未曾在揭貼上署名。而阮大鋮聯(lián)系江社往事，仍認(rèn)為公揭出于方以智主謀，因此怨毒更深。清順治二年（公元1645年），弘光在南京即位，阮大鋮夤緣通過(guò)關(guān)系成為兵部尚書(shū)，對(duì)大批東林后人以及復(fù)社成員進(jìn)行了報(bào)復(fù)。
　　崇禎十七年（公元1644年）李自成入北京，方以智被起義軍郭營(yíng)所得，不久乘機(jī)逃到南京。這時(shí)阮大鋮當(dāng)權(quán)，修復(fù)舊怨，借口方以智在李自成入京后沒(méi)有“殉節(jié)”，而把方列入“從逆六等”中的第五等，處理方法是“宜徒擬贖”。方以智在南都不能久留，由陳子龍介紹，經(jīng)過(guò)浙江，福建輾轉(zhuǎn)到達(dá)廣州避難，結(jié)束了早年時(shí)代生活。這一時(shí)期中，由于方以智對(duì)經(jīng)、史、百家知識(shí)基礎(chǔ)堅(jiān)實(shí)，“凡天人，禮樂(lè)，律數(shù)，聲音，文字，書(shū)畫(huà)，醫(yī)藥，下逮琴劍技勇，無(wú)不析其旨趣”（《桐城耆舊傳》卷六）。崇禎十四、十六年已分別開(kāi)始寫(xiě)作《通雅》與《物理小識(shí)》。
　　方以智早年沒(méi)有更多的研究哲學(xué)，而主要是寫(xiě)作詩(shī)、詞和政治論文。他主張“公”和“明”�！锻ㄑ拧肪硎字姓f(shuō)：“治在君、相，人在師教，學(xué)在實(shí)講，公、明而已�！薄吨袖缸h》中又引證了朱熹的“惟公惟明，相道畢矣”。他認(rèn)為“公”就是沒(méi)有偏見(jiàn)，“明”就是“能好能惡”。這與一百年后戴震所強(qiáng)調(diào)的“去私”與“去蔽”的政治主張有相通之處。
中期
　　從明崇禎十七年（1644年）至清順治九年（1652年）在廣州期間
　　方以智改名吳石公，后被南海令姚奇胤（字有仆）所發(fā)現(xiàn)。姚是方的故人和庚辰（公元1640年）考試的同年，他請(qǐng)方為其兒子姚端的老師。在南海令官署，方以智重新整理《通雅》舊稿。又曾寫(xiě)《錦纏玉》劇本，親教伶人排唱。這時(shí)他寫(xiě)作的詩(shī)集取名為《瞻旻》。方到粵不久，其夫人潘氏攜第三子方中履經(jīng)福建來(lái)廣州團(tuán)聚。順治三年（公元1646年）桂王朱由榔在肇慶即位監(jiān)國(guó)，任方以智為少詹事，翰林院侍講學(xué)士。由于黨派斗爭(zhēng)，太監(jiān)專(zhuān)權(quán)，他看到事無(wú)可為，堅(jiān)決退隱在湖南廣西交界的苗峒中。永歷多次召他為東閣大學(xué)士，他十次上疏辭退。這些辭疏尚都保存，可以看出他當(dāng)日對(duì)時(shí)局的觀感。他的詩(shī)句“西南更望層云黑，誰(shuí)把新亭淚眼看”！說(shuō)明了他對(duì)永歷朝廷的失望。
　　順治七年（公元1650年）清兵入廣西桂林，瞿式耜與張居正的曾孫張同敞共同守城殉難。方以智去昭平仙回山“披緇為僧”。方中履隨方以智入山“父析子荷，父汲子炊”，過(guò)著饑寒交迫的生活，終于被清兵搜出。清帥馬蛟驎反復(fù)逼降無(wú)效，最后聽(tīng)任方為僧。方以智于是去梧州，在梧州云蓋寺居住兩年。至順治九年（公元1652年）八月，偕同施閏章（宣城人，號(hào)愚山）至廬山，同年年底回桐城省親。他的哲學(xué)著作《東西均》的開(kāi)章即寫(xiě)于到達(dá)廬山之時(shí)。這一階段是方以智一生的轉(zhuǎn)折點(diǎn)，從輕衣肥馬的貴公子到流離轉(zhuǎn)側(cè)的苦行僧，從紅燈綠酒到黃卷青燈，從入世到出世�！锻┏顷扰f傳》的作者馬其昶論方以智說(shuō)�！肮�豪杰之才，遭逢季運(yùn)，以占畢稱(chēng)，豈其志哉�！本驮谶@一階段，對(duì)政治和社會(huì)的理想與抱負(fù)無(wú)從實(shí)現(xiàn)，于是全部精力轉(zhuǎn)入著書(shū)立說(shuō)的學(xué)術(shù)生活中。在流離中缺乏圖書(shū)資料，他自己說(shuō)“作掛一漏萬(wàn)之小說(shuō)家言，豈不悲哉。愚道人今年三十六矣，讀書(shū)亦有命”（見(jiàn)《通雅》卷三附記）。然而在這一時(shí)期終于寫(xiě)成《物理小識(shí)》，《切韻聲原》，《醫(yī)學(xué)會(huì)通》，《刪補(bǔ)本草》等書(shū)。
晚期
　　從清順治十年（1653年）至康熙十年（1671年）
　　方以智晚年，從順治十年（公元1653年）算起，這年元旦，回到桐城白鹿湖見(jiàn)到父親方孔炤。他在《象環(huán)寤記》中說(shuō)：“以祗支（袈裟，表示為僧）為退路，即為歸路�！闭f(shuō)明他在梧州為僧，其實(shí)際目的是為了回鄉(xiāng)。安徽地方官要奏用他時(shí)，他說(shuō)：“匹夫不可奪志，出世人安往（往何處），不得涅盤(pán)也？”“祗支”和“涅盤(pán)”成為他的遁詞和借口。就在這年，他重去離別十年的金陵，皈依天界寺的覺(jué)浪道盛法師。覺(jué)浪是當(dāng)時(shí)佛教曹洞宗的前輩，曾因文字中稱(chēng)朱元璋為“太祖高皇帝”被清政府逮捕下獄，后查明系明亡以前所作而釋放。覺(jué)浪的另一門(mén)徒嘯峰大然也就是崇禎末年與方孔炤同系詒獄的御史倪嘉慶。方以智“閉關(guān)”于金陵高座寺的看竹軒，潛心寫(xiě)哲學(xué)著作。作為曹洞宗的一個(gè)法門(mén)弟子，佛教對(duì)他有一定影響。另一方面，出家又只是與環(huán)境作斗爭(zhēng)的一種手段。
學(xué)問(wèn)與學(xué)說(shuō)
　　方以智酷愛(ài)自然科學(xué)知識(shí)，自幼塾中誦讀之余，即好窮物理，曾謂“不肖以智，有窮理極物之僻。”（《物理小識(shí)》卷五）明清之季，西學(xué)東漸，方以智一面秉承家教，以《易》學(xué)傳世，一面又廣泛接觸傳教士，學(xué)習(xí)西學(xué)。經(jīng)過(guò)孜孜不倦的努力，他終于在哲學(xué)和科學(xué)兩方面都取得了很大成就，達(dá)到了相當(dāng)?shù)母叨取?BR> 　　方以智學(xué)識(shí)淵博，《清史稿》本傳說(shuō)：“以智生有異秉，年十五群經(jīng)子史略能背誦。博涉多通，自天文、輿地、禮樂(lè)、律數(shù)、聲音、文字、書(shū)畫(huà)、醫(yī)藥、技勇之屬，皆能考其源流，析其旨趣�！边@一評(píng)價(jià)并不過(guò)分，他在許多領(lǐng)域都有自己獨(dú)到見(jiàn)解。例如，在學(xué)術(shù)分類(lèi)問(wèn)題上，他把學(xué)術(shù)分為三類(lèi)，說(shuō)：
　　“考測(cè)天地之家，象數(shù)、律歷、音聲、醫(yī)藥之說(shuō)，皆質(zhì)之通者也，皆物理也。專(zhuān)言治教，則宰理也。專(zhuān)言通幾，則所以為物之至理也。”（《通雅·文章薪火》）
　　在這三種學(xué)術(shù)中，他講得比較多的是通幾與質(zhì)測(cè)。他說(shuō)：
　　“寂感之蘊(yùn)，深究其所自來(lái)，是曰通幾；物有其故，實(shí)考究之，大而元會(huì)，小而草木蠢蠕，類(lèi)其性情，征其好惡，推其常變，是曰質(zhì)測(cè)�！保ā段锢硇∽R(shí)·自序》）
　　可見(jiàn)，所謂通幾，是對(duì)事物發(fā)生根本原因的探討，而質(zhì)測(cè)則要求腳踏實(shí)地考察事物變化原因，按特性予以整理分類(lèi)，總結(jié)驗(yàn)證已知規(guī)律，預(yù)測(cè)未來(lái)發(fā)展變化。顯然，通幾與質(zhì)測(cè)是從研究目的和研究方法著眼對(duì)學(xué)術(shù)活動(dòng)所做的分類(lèi)。在中國(guó)，這種分類(lèi)是方以智的獨(dú)創(chuàng)。
　　在天文學(xué)方面，方以智結(jié)合中國(guó)傳統(tǒng)的天文學(xué)和當(dāng)時(shí)傳教士傳入的西方天文學(xué)，討論了地心學(xué)說(shuō)、九重天說(shuō)、黃赤道、歲差、星宿、日月食、歷法等天文學(xué)問(wèn)題。對(duì)于西方天文學(xué)知識(shí)，他非常重視，經(jīng)常追蹤西方天文學(xué)最新進(jìn)展，例如他在討論天體運(yùn)動(dòng)軌道問(wèn)題時(shí)，就曾根據(jù)西方用望遠(yuǎn)鏡觀天發(fā)現(xiàn)金星有周相變化的事實(shí)，提出了金星、水星繞太陽(yáng)運(yùn)行的正確猜測(cè)。
　　方以智接受西方科技知識(shí)，并非盲從，而是經(jīng)過(guò)自己的認(rèn)真思考、消化。例如他對(duì)于西方地圓說(shuō)，就是首先考察了地圓說(shuō)賴(lài)以成立的觀測(cè)證據(jù)，然后才加以接受的。對(duì)于傳教士的錯(cuò)誤說(shuō)法，他則予以批駁。例如傳教士曾說(shuō)，太陽(yáng)半徑為地球半徑的160多倍，而太陽(yáng)距地球只有1600多萬(wàn)里，方以智指出這是錯(cuò)誤的，因?yàn)閾?jù)此計(jì)算（定地球圓周長(zhǎng)約9萬(wàn)里），太陽(yáng)的直徑就將近有日地距離的三分之一大，這顯然是不可能的。他運(yùn)用自己的“光肥影瘦”理論，對(duì)這一問(wèn)題做了解釋?zhuān)�指出人目所�?jiàn)的太陽(yáng)圓面比實(shí)際發(fā)光體要大，因此按幾何方法進(jìn)行的測(cè)量并不準(zhǔn)確。他的這一理論后來(lái)被《歷象考成》的作者所接受。
　　在物理學(xué)方面，方以智更有諸多創(chuàng)見(jiàn)。他從氣一元論自然觀出發(fā)，提出一種樸素的光波動(dòng)學(xué)說(shuō)，認(rèn)為： “氣凝為形，發(fā)為光聲，猶有未凝形之空氣與之摩蕩噓吸。故形之用，止于其分，而光聲之用，常溢于其余：氣無(wú)空隙，互相轉(zhuǎn)應(yīng)也。”（《物理小識(shí)》卷一）
　　顯然，方以智認(rèn)為，光的產(chǎn)生是由于氣受到激發(fā)的緣故。由于氣彌漫分布于所有空間，彼此間無(wú)任何空隙，被激發(fā)的氣必然要與周?chē)�靜止的氣發(fā)生相互作用，“摩蕩噓吸”，將激發(fā)傳遞出去，這就形成了光的傳播。由此，方以智所描述的是一種樸素的光波動(dòng)學(xué)說(shuō)。為了與近代光的電磁波動(dòng)說(shuō)相區(qū)別，可以稱(chēng)之為氣光波動(dòng)說(shuō)。
　　從氣光波動(dòng)說(shuō)的角度出發(fā)，方以智進(jìn)一步提出了光不走直線(xiàn)的主張，他把它叫做光肥影瘦，認(rèn)為光在傳播過(guò)程中，總要向幾何光學(xué)的陰影范圍內(nèi)侵入，使有光區(qū)擴(kuò)大，陰影區(qū)縮小。他并且指出，由于光肥影瘦現(xiàn)象的存在，使得基于光線(xiàn)直進(jìn)性質(zhì)進(jìn)行的測(cè)量得到的結(jié)果都不準(zhǔn)確。他說(shuō)：
　　“物為形礙，其影易盡，聲與光常溢于物之?dāng)?shù)，聲不可見(jiàn)矣，光可見(jiàn)，測(cè)而測(cè)不準(zhǔn)矣�！保ā段锢硇∽R(shí)》卷一）
　　為了證實(shí)自己的觀點(diǎn)，他還做了小孔成像實(shí)驗(yàn)，并且努力用自己的理論去解釋常見(jiàn)光學(xué)現(xiàn)象。所有這些，在物理學(xué)發(fā)展史上，都是很新鮮的。
　　另外，他對(duì)于光的反射和折射，對(duì)于聲音的發(fā)生、傳播、反射、隔音效應(yīng)，對(duì)于色散，對(duì)于煉焦、比重、磁效應(yīng)等諸多問(wèn)題的記述，都是領(lǐng)先于同時(shí)代人的。
　　在生物醫(yī)學(xué)方面，方以智也有諸多值得一提之處。他在其《物理小識(shí)》一書(shū)中，記述有大量動(dòng)植物的生態(tài)學(xué)內(nèi)容和栽培、管理等知識(shí)。他引述了傳教士“腦主思維”之說(shuō)，介紹了他們關(guān)于人體骨骼、肌肉等方面的知識(shí)，認(rèn)為中西之學(xué)各有所長(zhǎng)，嘗言西醫(yī)“詳于質(zhì)測(cè)而拙于言通幾”，故引用湯若望之《主制群征》中西醫(yī)之解剖學(xué)，介紹于國(guó)人，但剔除了傳教士所說(shuō)的“全能的上帝創(chuàng)造世界”之類(lèi)的內(nèi)容。他自己對(duì)于傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)也素有研究，撰有多種醫(yī)學(xué)著作。遺憾的是這些著作傳世不多，我們難以窺其全貌。方以智可視為我國(guó)早期匯通思想醫(yī)家之一，于我國(guó)近代醫(yī)學(xué)發(fā)展史上有一定影響。
　　方以智一生著述很多，計(jì)有一百余種。其中最為流行的是《通雅》和《物理小識(shí)》，前者是綜合性的名詞匯編書(shū)，后者是一部筆記，他的科學(xué)見(jiàn)解主要集中在這部書(shū)中。他的后期代表作是《藥地炮莊》和《東西均》，均為哲學(xué)著作，書(shū)中提出了一些很重要的哲學(xué)命題。他的著作中另外比較重要的還有《浮山文集》、《博依集》、《易余》、《一貫問(wèn)答》、《切韻源流》、《流寓草》、《周易圖象幾表》、《性故》、《學(xué)易綱宗》、《諸子燔痏》、《四韻定本》、《內(nèi)經(jīng)經(jīng)絡(luò)》、《醫(yī)學(xué)會(huì)通》等�，F(xiàn)存共二十余種。
　　方以智其學(xué)博涉多通，自負(fù)要把古今中外的知識(shí)熔于一爐，發(fā)明千古不決的道理，是明清之際的一位有進(jìn)步社會(huì)思想和唯物主義觀點(diǎn)的哲學(xué)家。所著《東西均》中提出“一而二，二而一”的命題，概括事物的矛盾和矛盾運(yùn)動(dòng)，認(rèn)為事物都是“相捄相勝而相成”，體現(xiàn)出唯物主義和樸素的辯證法觀點(diǎn)。方以智對(duì)中國(guó)傳統(tǒng)自然科學(xué)和由利瑪竇、徐光啟傳入的西方科學(xué)作了記述、考辨，把整個(gè)科學(xué)技術(shù)按其對(duì)象，區(qū)分為“質(zhì)測(cè)”（自然科學(xué)）、“宰理”（社會(huì)科學(xué)）和“道幾”（哲學(xué)）三大類(lèi)。他還立志邀集專(zhuān)家編譯綜合百科全書(shū)，但這個(gè)宏愿未得實(shí)現(xiàn)。
介紹
　　方以智是安慶府桐城縣鳳儀里（今桐城市區(qū)）人，出身士大夫家庭。方氏是桐城地區(qū)這一時(shí)期主要的世族。曾祖父方學(xué)漸，精通醫(yī)學(xué)、理學(xué)，并且能學(xué)習(xí)諸子百家，融會(huì)貫通，自成體系 ，除記錄赴東林講學(xué)的《東游記》外，著有《易蠡》、《性善繹》、《桐夷》、《邇訓(xùn)》、《桐川語(yǔ)》等。祖父方大鎮(zhèn)在萬(wàn)歷年間，曾任大理寺左少卿，著有《易意》、《詩(shī)意》、《禮說(shuō)》、《永思錄》、《幽忠錄》等數(shù)百卷。因方學(xué)漸曾受學(xué)于泰州學(xué)派的耿定理，《明儒學(xué)案》把他列入《泰州學(xué)案》。外祖父吳應(yīng)賓，精通釋儒，著有《學(xué)易全集》、《學(xué)庸釋論》、《宗一圣論》、《三一齋稿》等。父親方孔炤，萬(wàn)歷四十四年進(jìn)士，崇禎朝官至湖廣巡撫，通醫(yī)學(xué)、地理、軍事，并且較早地接觸西學(xué)，主張研習(xí)經(jīng)世致用的知識(shí)，著有《周易時(shí)論》、《全邊略記》、《尚書(shū)世論》等有《全邊略記》等著作，《明史》有傳�！吨芤讜r(shí)論》被《四庫(kù)提要》列入存目。這書(shū)對(duì)方以智影響很大，方一生中經(jīng)常提到它。
　　方以智自幼秉承家學(xué)，接受儒家傳統(tǒng)教育，他從小由母親和姑姑一起撫養(yǎng)長(zhǎng)大。姑姑方維儀是明大理少卿方大鎮(zhèn)之女，姚孫棨之妻，少年寡居。方維儀頗有才氣，是當(dāng)時(shí)有名的女詩(shī)人。曾隨父宦游，至四川嘉定、福建福寧、河北、京師等地，見(jiàn)名山大川，歷京華勝地，閱西洋之書(shū)，頗長(zhǎng)見(jiàn)識(shí)。除了家學(xué)，他所授業(yè)的老師亦都是當(dāng)時(shí)的著名學(xué)者。白瑜，長(zhǎng)于詞賦經(jīng)史，崇尚實(shí)學(xué)。王宣則專(zhuān)攻名物訓(xùn)詁和《河》、《洛》之學(xué)，治學(xué)嚴(yán)謹(jǐn)，是當(dāng)時(shí)治《春秋》的大家。傅海峰則是當(dāng)時(shí)的名醫(yī)。另外，家中還有藏書(shū)豐富，被譽(yù)為“兩間皆字海，一盡始羲皇”的稽古堂。在這樣的環(huán)境中，少年時(shí)代的方以智受到了濃厚學(xué)術(shù)氛圍的熏陶。由于其祖輩都直接或間接同東林黨有關(guān)系。他從小也養(yǎng)成了關(guān)心時(shí)世的習(xí)慣。十四歲時(shí)，曾徒步到數(shù)百里外的考場(chǎng)參加會(huì)試，以此來(lái)磨煉意志。
　　成年后，方以智載書(shū)泛游江淮吳越間，遍訪(fǎng)藏書(shū)大家，博覽群書(shū)，四處交游，結(jié)識(shí)學(xué)友。在他的學(xué)友中有西洋傳教士畢方濟(jì)與湯若望，并閱西洋之書(shū)，從他們那里，方以智學(xué)習(xí)了解了西方近代自然科學(xué)，從而更加開(kāi)闊了視野，豐富了學(xué)識(shí)。他認(rèn)為：“今天下脊脊多事，海內(nèi)之人不可不識(shí)，四方之勢(shì)不可不識(shí)，山川謠俗，紛亂變故，亦不可不詳也。”他曾作詩(shī)曰：“繁霜如雪孤南征，莫道能無(wú)故國(guó)情。斥抱揄方始大笑，牽牛負(fù)軛總虛名。凌云久動(dòng)江湖氣，杖劍時(shí)成風(fēng)雨聲。海內(nèi)只今信寥落，龍眠山下有狂生�！北磉_(dá)了自己非凡的政治抱負(fù)。為諫議皇帝選賢用能，革除弊端，實(shí)行某些改革，曾寫(xiě)了《擬求賢詔》、《擬上求治疏》、《擬上求讀書(shū)見(jiàn)人疏》等，決心以襄扶明朝中興為己任。他曾在《書(shū)鹿十一傳后》中表示要“挹東海之澤、洗天下之垢”。曾與張溥、陳子龍、吳偉業(yè)、陳貞慧、吳應(yīng)箕、侯方域等主盟復(fù)社，裁量人物，諷議朝局，人稱(chēng)“四公子”，以文章譽(yù)望動(dòng)天下。方以智的父親方孔炤任湖廣巡撫時(shí)被楊嗣昌彈劾下獄，方以智懷血疏訟冤，方孔炤這才得釋。一時(shí)傳為佳話(huà)。
　　崇禎十三年（1640年），三十歲的方以智中進(jìn)士，選為庶吉士，有人向崇禎皇帝推薦方以智，崇禎召對(duì)德政殿，方以智“語(yǔ)中機(jī)要，上撫幾稱(chēng)善”。后在京任工部觀政、翰林院檢討、皇子定王和永王的講官。
　　崇禎十七年（1644年），李自成農(nóng)民軍攻入北京，崇禎皇帝自縊，方以智在崇禎靈前痛哭，被農(nóng)民軍俘獲，農(nóng)民軍對(duì)他嚴(yán)刑拷打，“兩髁骨見(jiàn)”（《明史稿·方以智傳》），但他始終不肯投降。不久，李自成兵敗山海關(guān)，方以智僥幸乘亂南逃，大難不死。當(dāng)方以智在北京誓死不降農(nóng)民軍之事傳入江南時(shí)，友人皆把他比擬為文天祥。
　　方以智輾轉(zhuǎn)奔向南京投奔南明弘光政權(quán)，仇敵阮大鋮把持南明弘光朝政，不斷受到排擠、迫害，于是不得不改名吳石公，流寓嶺南、兩廣一帶以賣(mài)藥為生。不久，南明隆武帝以原官庶吉士相召，方以智不應(yīng)，取名“三萍”，浪跡于珠江山水間。 順治三年，桂王朱由榔稱(chēng)帝于肇慶，由于父執(zhí)瞿式耗的引薦，方以智參與了擁立永歷政權(quán)的活動(dòng)，任左中允，少詹事，翰林院侍講學(xué)士，方以智很快便發(fā)覺(jué)桂王政權(quán)朝不保夕，名不符實(shí)，內(nèi)則門(mén)戶(hù)紛爭(zhēng)，奸人當(dāng)?shù)�，外則與廣州紹武政權(quán)同室操戈，兵戎相見(jiàn)。桂王更是膽小如鼠，稍稍聞風(fēng)鶴即奔走靡常，這一切使方以智心灰意冷，后被太監(jiān)王坤誣劾免職，不得不遁跡于少數(shù)民族聚居的湘、桂、粵西一帶，過(guò)著“曲肱茅屋雞同宿，舉火荒村鬼作鄰”的生活。
　　當(dāng)清兵大舉南下時(shí)，他曾聯(lián)絡(luò)東南抗清力量抵抗。1650年，清兵攻陷廣西平樂(lè)，方以智被捕，清軍在方以智的左邊放了一件清軍的官服，右邊放了一把明晃晃的刀，讓方以智選擇。方以智毫不猶豫，立即奔到右邊，表示寧死不降。滿(mǎn)清將領(lǐng)相當(dāng)欣賞他的氣節(jié)，于是將他釋放。獲釋后，于順治七年，披緇為僧，改名弘智，字無(wú)可，別號(hào)大智、藥地、愚者大師等。晚年定居江西廬陵青原山，自稱(chēng)極丸老人�？滴跏�年（1671年）冬，方以智為粵事?tīng)窟B被捕，解往廣東，途經(jīng)江西萬(wàn)安惶恐灘頭，十月七日（11月8日）因疽發(fā)卒于舟中。1972年當(dāng)代美國(guó)華裔學(xué)者余英時(shí)在《方以智晚節(jié)考》認(rèn)為方以智行至惶恐灘頭，想起前朝文天祥事跡，自沉于江殉國(guó)。
墓地
　　方以智逝世后，共有三座墓：江西青原山為衣缽墓；浮山華嚴(yán)寺后為爪發(fā)塔；浮山北麓白沙嶺“金牛架軛”地為肉身墓�！》揭灾悄刮挥诎不帐�樅陽(yáng)縣城東北四十五公里的浮山北麓，西距安合公路六公里。墓地坐南朝北，依山傍水，由墓冢、祭壇、拜臺(tái)三部分構(gòu)成，占地二百一十平方米。墓冢以花崗石相圍，墓碑豎于《生事略碑》后，碑上因方氏子孫尊先生反清之志，未署清帝年號(hào)。左側(cè)為潘氏夫人之墓。方以智墓冢前為石砌祭壇，并立有近人書(shū)刻《方密之先生事略碑》，西邊配石刻對(duì)聯(lián)：“博學(xué)清操重百世，名山勝水共千秋”。以下依次建拜臺(tái)三道，迎出山腳。拜臺(tái)前均有白石欄桿。其第一道拜臺(tái)有石獅一對(duì)，分立左右。臺(tái)下右側(cè)立大理石標(biāo)志碑一塊。四周松青柏綠，郁郁蔥蔥，整個(gè)墓地居高臨下，氣勢(shì)開(kāi)闊，肅穆莊重。 方以智墓為安徽省級(jí)重點(diǎn)文物保護(hù)單位。