臨危受命，代理漳巡道，從戈戟林中破圍入漳，協(xié)助守城。漳州解圍后，城廂內(nèi)外尸骸狼藉，周亮工捐貲收埋遺骸十余萬(wàn)具，發(fā)糧煮粥供應(yīng)饑民，并贖回被清軍擄掠的良家子女千余人。順治十年（1653），調(diào)署興泉道。當(dāng)時(shí)，福建總督劉清泰因興泉沿海14寨接濟(jì)鄭成功，準(zhǔn)備發(fā)兵剿滅。周亮工極力勸止，使百姓免遭涂炭。同年夏天，周亮工升為福建左布政使，為清初漢人受左布政使職之第一人。上任后，即在衙堂上大書(shū)：“收銀不用火耗，發(fā)銀即是原封”；“批到即收銀，收完即領(lǐng)批”。
　　順治十一年（1654）正月，周亮工奉調(diào)入京，任都察院左副都御史；六月，升戶(hù)部總督錢(qián)法右侍郎；不久，又擢為吏部左侍郎。針對(duì)福建軍事形勢(shì)，周亮工奏陳6項(xiàng)策略，要求協(xié)調(diào)浙江、廣東、福建三省對(duì)鄭成功的軍事部署；增設(shè)水師，駐防�？�；停止招撫鄭成功，斬鄭芝龍等。其意見(jiàn)與福建總督所行政策相左，鄭芝龍對(duì)之恨之入骨。順治十二年（1655）七月，福建總督佟代上章彈劾周亮工在鎮(zhèn)壓南社、西社、蘭社一案時(shí)“濫殺無(wú)辜”，并貪污4萬(wàn)余兩銀子。奏上，周亮工被解職回閩候?qū)彙��?duì)質(zhì)時(shí)，所謂“貪污”皆屬子虛，而福建吏民為周亮工訴冤者，“日以百千計(jì)”。順治十三年（1656）秋，鄭成功大軍奇襲福州，“城中疲卒不盈千，軍儲(chǔ)無(wú)十日餉”。巡撫宜永貴急從獄中請(qǐng)出周亮工，命防守城防要沖射烏樓。周亮工“親發(fā)巨炮”，拼死抵擋鄭軍進(jìn)攻；又向宜永貴獻(xiàn)計(jì)，抄后路夜襲鄭軍。結(jié)果，鄭軍退屯閩安，福州之圍遂解。由于周亮工戴罪立功，且所參罪狀皆無(wú)實(shí)據(jù)，在宜永貴默許下，主審人田緝馨等6人擬為之翻案。然而，繼任巡撫劉漢祚以為田緝馨等有受賄嫌疑，維持原議，報(bào)刑部復(fù)審。順治十七年（1660），周亮工被定罪，原定“立斬籍沒(méi)”，后減等改徙寧古塔，未行，又遇赦獲釋。
　　康熙元年（1662）十月，以?xún)L事起用補(bǔ)山東青州海防道，康熙五年（1666）調(diào)江南江安糧道，康熙六年(1667年)，代理安徽布政使；不久，篆江寧糧署�？滴醢四�(1669）漕運(yùn)總督帥顏保劾亮工縱役侵扣諸款，得旨革職逮問(wèn)論絞。康熙九年（1670）復(fù)遇赦得釋?zhuān)�晚年有焚�?shū)之舉。康熙十一年（1672）六月二十三日卒于南京。《清史列傳》列入貳臣傳。
文學(xué)成就
　　周亮工博學(xué)多才，詩(shī)文、金石、書(shū)畫(huà)皆有很深造詣。古文宗法唐宋八大家，推崇嚴(yán)羽詩(shī)論。魏禧稱(chēng)：“博及群書(shū)而未嘗好征引故實(shí)以自侈其富，……每命一文，必深思力索，戛戛乎務(wù)去其陳言習(xí)見(jiàn)而皆衷于理義，無(wú)詭僻矯激之辭以驚世駭俗，其正也如是。”錢(qián)謙益稱(chēng)其詩(shī)文：“情深而文明，言近而旨遠(yuǎn)，包涵雅故，蕩滌塵俗，卓然以古人為指歸，而不復(fù)墜于昔人之兔徑與近世之鼠穴”。周亮工在福建任職多年，遺跡遍閩疆，所到之處，都獎(jiǎng)掖后進(jìn)，規(guī)復(fù)文化；公事之余，好與同僚談?wù)摴沤裾乒�，探究方物土產(chǎn)。所著《閩小記》，“凡夫全閩之軼事舊聞，方物土產(chǎn)，大而人文之盛，微而工使之巧，幽而洞壑之奇，細(xì)而物類(lèi)之伙”，莫不備載，是研究福建古代社會(huì)的重要文獻(xiàn)。此外，還有《全濰紀(jì)略》、《賴(lài)古堂集》、《書(shū)影》、《字觸》、《同書(shū)》、《讀畫(huà)樓畫(huà)人傳》、《印人傳》、《賴(lài)古堂文集》、《讀畫(huà)錄》、《賴(lài)古堂藏印》、《賴(lài)古堂印譜》等。傳世墨跡有《行書(shū)詩(shī)軸》、《七言絕句詩(shī)軸》、《五言詩(shī)軸》等十?dāng)?shù)種著述傳世。
藏書(shū)功績(jī)
　　精于鑒賞，好故圖書(shū)字畫(huà)，于古今之書(shū)無(wú)所不覽，知名之士無(wú)不交，游宦所至，訪求故籍不遺余力，福建藏書(shū)家謝在杭的舊藏，盡歸于他。家有“賴(lài)古堂”、“因樹(shù)屋”、“藏密庵”等，藏印篆、古書(shū)、字畫(huà)極富。“賴(lài)古堂”藏書(shū)，多得自江浙閩贛。藏書(shū)印有“是書(shū)曾藏周元亮家”、“曾為大梁周氏收藏”、“響山樓”、“櫟園賞鑒圖書(shū)”、“緘齋藏書(shū)”、“周櫟園家藏書(shū)”、“賴(lài)古堂圖書(shū)記”、“周元亮抄本”等。據(jù)曹寅《楝亭書(shū)目》記載，有《櫟園書(shū)目》1卷；李筠嘉《古香閣藏書(shū)志》亦記載有《賴(lài)古堂書(shū)目》，著錄藏書(shū)4670余種。著述近百種，后因牢獄，遂放火燒之，僅存《讀畫(huà)錄》、《印人傳》、《閩小記》、《印樹(shù)屋書(shū)影》、《賴(lài)古堂印譜》、《賴(lài)古堂詩(shī)文集》等。
篆學(xué)主張
　　周亮工與明末清初的許多篆刻家交往甚密，嗜印成癖，曾云：“生平嗜此，不啻南宮愛(ài)石�！逼錇樽�刻家立傳，保存了大量的印學(xué)資料。在《賴(lài)古堂書(shū)畫(huà)跋》一書(shū)中，收有二十九則，對(duì)研究明清書(shū)畫(huà)史有一定的參考價(jià)值。其關(guān)于印章美學(xué)的論述，主要集中在《尺牘新鈔》中，提出了“印章之妙，原不一趣”的觀點(diǎn)：仆常合諸家所論而折衷之，謂斯制之妙，原不一趣。有其全，偏者亦粹；守其正，奇者也醇。故嘗略近今而裁偽體，惟以秦漢為師，非以秦漢為金科玉律也，師其變動(dòng)不拘已耳�！�—《與濟(jì)叔論印章》
　　在這段論述里，周亮工提出了印章求變的觀點(diǎn)，對(duì)歷代印人能革新者推崇有加。這種觀點(diǎn)與晚明時(shí)期提倡個(gè)性解放的思潮有關(guān)，正如文學(xué)家李贄《焚書(shū)·雜說(shuō)》所言：蓄極積久，勢(shì)不可遏，一旦見(jiàn)景生情，觸目興嘆，奪他人之酒杯，澆自己之塊壘，訴心中之不平，感數(shù)奇于千載。
　　這種觀點(diǎn)不僅對(duì)晚明的文壇有重大的影響，對(duì)當(dāng)時(shí)的書(shū)畫(huà)篆刻也有沖擊。周亮工認(rèn)為透過(guò)印人的作品，同樣可以評(píng)價(jià)印人的本色胸次。他在《又與濟(jì)叔論印章》中說(shuō)：絕去甜俗蹊徑，是濟(jì)叔本色，空夷浩渺，更可見(jiàn)濟(jì)叔胸次。只有改革，才有生氣，有生氣則動(dòng)人，動(dòng)人則佳。“世人所以不可傳者無(wú)他，坐使人無(wú)所動(dòng)耳。”（《答黃濟(jì)叔》）除印章美學(xué)的貢獻(xiàn)外，其在書(shū)畫(huà)研究方面也有貢獻(xiàn)，如在《賴(lài)古堂書(shū)畫(huà)跋》中，有“題所作八分書(shū)寒鴉歌后”：己亥重九后一日寫(xiě)此賣(mài)錢(qián)沽酒，綴以二絕。一、誰(shuí)能隔宿對(duì)黃花，度盡重陽(yáng)更憶家。欲換青錢(qián)沽雪酒，八分小字寫(xiě)寒鴉。二、難教去盡外來(lái)姿，老腕羞慚力不隨。方疊出夸官樣好，阿誰(shuí)解受《陽(yáng)碑》。命童子攜出戶(hù)，童子笑謂予：“收此冷淡生活，應(yīng)惟虎林霍君�！币讯�果為維翰索去，攜酒為予作三日醉。維翰雅好筆墨，遂為童子所知，《陽(yáng)碑》即不方整，亦復(fù)為人愛(ài)，老人潦倒涂鴉，尚可易三日軟飽，皆足記也。從此則題跋，可看出周亮工與人交游的一些情況，對(duì)于研究明清之際書(shū)畫(huà)家的創(chuàng)作和生活狀況提供了第一手資料，值得一讀。
仕宦生涯
　　周亮工宦海沉浮二十九年．其中寓閩的十二年（1647—1658，前八年在閩任按察使，布政使等職，后四年被劾“在閩質(zhì)審”）是他仕途生活中的重要時(shí)期，對(duì)當(dāng)時(shí)福建的政治、軍事和文化起了一定的作用，產(chǎn)生了一定的影響。
　　周亮工“時(shí)時(shí)與世抵牾”，他對(duì)自己的一生是不滿(mǎn)意的，別人對(duì)他則褒貶不一�！翱滴跞�十有五年（1696，周死后二十五年），閩八郡士大夫詣當(dāng)事諸有司，請(qǐng)崇祀故戶(hù)部右侍郎櫟園周公于郡學(xué)宮之名宦祠�！苯Y(jié)果獲準(zhǔn)。（福建通志）為周立傳，列于名宦傳卷二十八，而（清史列傳）則將周亮工列入貳臣傳，理由是“本朝順治二年（1645）豫親王多鐸兵下江南，亮工詣軍門(mén)降。
　　周亮工的一生是復(fù)雜的，把他寓閩的十二年搞清楚，對(duì)于了解他的生平和創(chuàng)作，對(duì)于福建地方文化史的研究，不無(wú)裨益。
　　明崇禎十四年（1641），周亮工始入仕途，為濰縣令．守城有功，于1643年“舉天下廉卓，行取入京師。崇禎十七年（1644）春，“授浙江道試御史，未十日，逆闖破京師，公投繯，為家人救免”。據(jù)明楊士聰（甲申核真略）記載；前此數(shù)日，即崇禎十七年三月十八日，“左都御史李邦華入，言新御史周亮工等三人著效城守，宜用之城上，已具疏入告，特求票擬相應(yīng)。”周亮工等并未登城，因“中貴拒之，遂回�！北本┏瞧疲�周“雜難民中逸出，遂間道歸白下�！保ń衲暇┦校┦菚r(shí)明福王朱由嵩在南京即位，為弘光帝，建立南明王朝。周亮王原是愿意為南明政權(quán)服務(wù)的，可是“錦衣馮可宗誣公，從賊，羅織下鎮(zhèn)撫獄。譏無(wú)左驗(yàn)，復(fù)公官。馬阮又欲公劾劉公宗周，始肯補(bǔ)用。公笑謝之，遂奉兩尊人棲隱子牛首幽棲間，不入城郭。”劉宗周（1578—1645）是晚明清官能吏，剛直不阿，清正敢言，幾度被革職，幾度被起用。周亮工不依附馬阮，不聽(tīng)從馬阮的旨意誣陷劉宗周，說(shuō)明他那時(shí)是有正義感的，有明確的是非觀念的正直官吏。
　　明清之際，鼎新革故。當(dāng)時(shí)漢族地主官僚中的大多數(shù)，對(duì)農(nóng)民起義深?lèi)和唇^，對(duì)朱明王朝則忠心耿耿。崇禎帝死后，他們有的投繯，以死殉職，所謂追從先帝于地下，可是等到滿(mǎn)族王室入主中原，建立新政權(quán)，他們中的一些人又不講民族氣節(jié)，投降清室，為之效命。周亮工就是這樣的人，清師南下金凌，他便出山迎降。
　　南明馬阮排斥周亮工，南下清師卻拉攏周亮工。“順治二年（1645）王師南下，特征君以原官，招撫用準(zhǔn)。”從此以后周亮工就一頭栽進(jìn)滿(mǎn)族王室的懷抱，盡心竭力地為之效勞。
　　順治三年（1646）六月，清王室貝勒博各進(jìn)軍浙江，八月，進(jìn)駐福建，在閩西一帶追捕甫明隆武帝，九月，進(jìn)軍閩南泉川，招降鄭芝龍。博洛縱兵瘋狂鎮(zhèn)壓福建人民反滿(mǎn)抗清的斗爭(zhēng)之后一年，周亮工奉調(diào)入閩，他的吏命就是鞏固并擴(kuò)大博洛的戰(zhàn)果，繼續(xù)鎮(zhèn)壓福建人民的抗清斗爭(zhēng)，鞏固并加強(qiáng)清王朝在福建的統(tǒng)治。
　　清順治四年（1647）周亮工被擢為福建按察使。是年秋天，周由浙江經(jīng)贛從杉關(guān)入閩，先抵光澤，因道路受阻，于初冬十月抵邵武，在邵武“凡七閱月”，于1648年夏才到達(dá)省會(huì)福州。順治六年（1649）擢為福建右布政使，十年（1653）升為左布政使，十一年（1654）擢為部察廡左副部御史，調(diào)離福建。周仕閩八年，除任按察使、布政使外，還前后兼任兵備，海防、督學(xué)、建南、漳南，興泉等道道臺(tái)�？偟恼f(shuō)，這八年仕途還是順利的，這同他積極地參與鎮(zhèn)壓福建人民的抗清斗爭(zhēng)，從而得到上司的賞識(shí)有關(guān)。清初，福建人民的抗清斗爭(zhēng)，風(fēng)起云涌，此起彼伏，沿海內(nèi)地，莫不如此。周亮工參與鎮(zhèn)壓福建人民抗清，從地域來(lái)說(shuō)，可分兩條地帶，一是閩北和閩西內(nèi)陸山區(qū)，這些地區(qū)反清火焰較小，較分散，因而較快被撲滅，另一是閩南和閩東一帶的沿海地區(qū)，反清力量規(guī)模大，聲勢(shì)仕、歷時(shí)久，到周亮工離閩時(shí)（1654年）仍然很活躍。
　　順治四年（1647）秋，周亮工抵光澤，即用計(jì)擊退當(dāng)?shù)亓x軍領(lǐng)袖李鳳毛。是年十月至次年五月，周在邵武不分晝夜守減，親自登城督戰(zhàn)，既擊敗當(dāng)?shù)乜骨辶x軍，又清除“叛將”熊再法、秦登虎等人。順治七年（1650）赴汀州招撫“土寇曾省，次年赴邵武平息“叛卒耿虎之變”，另外，還率軍剿除建寧的陳和尚和延平的吳賽娘。
　　正當(dāng)周亮工在閩西北率軍撲滅小股反抗?jié)M清的軍事力量時(shí)，民族英雄鄭成功卻在閩南沿海一帶大舉進(jìn)軍，打擊清朝駐在福建的軍事力量。順治九年（1652）五月，鄭成功率軍圍攻漳州，“漳泉八郡震動(dòng)，援剿大軍，駐師泉州�！编嵆晒τ糜�(jì)將來(lái)自泉州的增援?dāng)耻娬T入漳喊，重又團(tuán)團(tuán)圍困，漳州軍事態(tài)勢(shì)十分險(xiǎn)峻。福建巡撫張學(xué)圣為解漳州之圍，急調(diào)正在延平巡視的周亮工為漳州巡道道臺(tái)，周星夜南下，參與解圍戰(zhàn)斗。周亮工在漳州雖然不像在閩西北一樣是最高指揮官，只不過(guò)是配合清朝在閩南的其他軍事力量協(xié)同作戰(zhàn)，但他為擊退鄭成功的抗清義軍，卻是竭盡全力的。這次包圍與突圍的戰(zhàn)役，歷時(shí)半年，雙方參戰(zhàn)的兵力有數(shù)十萬(wàn)，人民群眾死傷慘重，蒙受了極大的災(zāi)難。據(jù)《小腆紀(jì)年附考》卷十八記載：
　　成功急攻城，（總兵馬）逢知虞內(nèi)變，令所部兵雜守陴堵，隨壞隨筑，久未克。時(shí)，秋謀盛漲，成功塞鎮(zhèn)門(mén)山，激水灌之，城中食盡，人相食，枕藉死者七十余萬(wàn)。門(mén)巷海開(kāi)，落落如游噓墓，饞鼠饑烏白晝蹲幾上，解圍后存者才一二百人。（考曰：《行朝錄》：有土人素慷慨，率妻子一慟絕，鄰舍兒竊煮食之，見(jiàn)腸中累累皆故紙，字瑞隱然可辯，鄰舍兒亦廢箸而絕�！杜_(tái)灣外紀(jì)》云：有公姑欲殺其媳，媳逃歸，告父母，父母曰，吾生汝，且不得食，反與波邪!殺其女食之�！�…守道周亮工嘗為《清漳城上詩(shī)》紀(jì)其事，酸楚不忍卒讀。）
　　考《漳城上詩(shī)》原題為《清漳城上感懷四首同唐肯堂作》，載《賴(lài)古堂集》卷八，其三為：
　　天寶山前百戰(zhàn)場(chǎng)，鯨鯢浪涌海云荒。
　　饑魂彳亍霏微雨，白骨支撐遠(yuǎn)近霜。
　　磧里角聲吹細(xì)柳，沙邊旗影沸清漳。
　　六年瘴癘須麋苦，不信巖關(guān)路信長(zhǎng)。
　　周亮工參與擊退鄭成功圍城的進(jìn)攻是很積極的，除上述漳州戰(zhàn)役外，四年之后，他又參加了一次。順治十三年（1656），周原在京為官，受誣被革職，返福州受審查，聽(tīng)候發(fā)落。其時(shí)鄭成功率師攻打福州，于1656年七月，“親帥王秀奇等將大隊(duì)舟師入南臺(tái)，奪其橋，再戰(zhàn)再勝，進(jìn)圍福州。分兵東守烏龍江以御泉、漳救援之師，西據(jù)洪塘水口以截延津餉道，北守連江北嶺，以遏溫、臺(tái)，惟南面近水，故不為備焉。”福州三面被圍，一面臨海，形勢(shì)岌岌可危。八月，“巡撫宜永貴與副將田勝議分兵守烏樓，以為犄角，成功每攻城，輒為烏樓炮石所傷，乃并力攻烏樓，破之，城中益懼。參將張國(guó)威請(qǐng)于宜永貴，出原任藩司周亮工、副將王進(jìn)于獄，（考曰：亮工時(shí)為督臣佟岱所劾，進(jìn)以失守漳州下獄。）問(wèn)以破敵之策，亮工曰：‘城外營(yíng)壘相連，獨(dú)東南一角疏防，今令王進(jìn)將步騎暗過(guò)鼓山，出路通橋以襲南臺(tái)海船，令田勝伏南門(mén)，李武伏西門(mén)，出不意突擊，破之必矣’�！敝芰凉げ坏珵檠矒嵋怂�貴出謀獻(xiàn)策，固守福州，還親自在射烏樓上指揮炮戰(zhàn)，親手點(diǎn)燃大炮，擊死鄭成功部將領(lǐng)三人，使鄭成功部不得不撤退。
　　周亮工寓閩期間，政治上投靠愛(ài)新覺(jué)羅氏，為滿(mǎn)清王朝服務(wù)，軍事上參與鎮(zhèn)壓福建人民的抗清斗爭(zhēng)，但在文化建設(shè)和提攜人才方面，卻做了一些好事，受到當(dāng)時(shí)及后世知識(shí)分子的好評(píng)。順治五年（1648）春在邵武受阻，戰(zhàn)事頻仍，生活緊張，周亮工仍不忘地方文化建設(shè)，“建詩(shī)話(huà)樓，祀宋嚴(yán)滄浪其上，召邑諸生能詩(shī)者益日與倡和。”對(duì)閩中士人不忘品題和提攜，在培養(yǎng)人才方面起了促進(jìn)作用。試看下列兩例：
　　黃秋聲
　　元季詞人輩出，而邵武有黃鎮(zhèn)成，詩(shī)多奇警�！肚锫暭�》十卷，佳句疊出，如“王孫不歸怨芳草，山鬼欲啼牽女夢(mèng)。”……惜梨棗朽腐。予屬邵武司理何涵齋刻之郡中，更為建秋聲亭于熙春山，祀其上。
　　陳叔度
　　侯官陳鴻，字叔度，家貧，無(wú)人物色之。能始石倉(cāng)園在洪塘中，有渺閣，集諸同人為詩(shī)。叔度有“一山在水次，終日有泉聲”句。能始嘆賞，為之延譽(yù)。因即以石倉(cāng)為居停，名其詩(shī)曰《秋室篇》，取李長(zhǎng)吉“秋室之中無(wú)俗聲”也，丙戌（1646）之變，”能始殉節(jié)，叔．度年七十二，不能自存，以貧病死。無(wú)子，不能葬。戊子（1648）余入閩時(shí)，客以其詩(shī)來(lái)，予悲其蒿露，謂客曰，“余任其葬，子任其詩(shī)。”因助以金，浼諸生徐存永董其事。先是莆田布衣趙十五，名璧，亦工詩(shī)，善作畫(huà)，所為枯木竹石類(lèi)，閩人珍之。然性孤僻，不多為人作，惟山房寺壁，則淋漓潑墨。與叔度先后死，亦不能葬。存永因舉十五之棺，與叔度合摹于小西湖之側(cè)。余為書(shū)碑曰：“明詩(shī)人陳叔度，趙十五合墓�！笨涂獭妒宥燃�》，予為之序，板式精好，傳之南中，莫不知閩有陳叔度矣。十五不多為詩(shī)，無(wú)傳者。
　　周亮工不但注意評(píng)介已經(jīng)死去的閩中士人，使之不泯滅無(wú)聞，面且重視正在奮進(jìn)的士子，予以培養(yǎng)，使之更快成長(zhǎng)，如對(duì)祖籍泉州，僑居江寧的黃虞稷（1629—1691）的培養(yǎng)和教育，對(duì)曾任江西廣信府司理，永新縣令的汀州黎愧曾的關(guān)心和愛(ài)護(hù)，便是很好的例證。
　　順治十一年（1654）周亮工被擢為都察院左副都御史，十月離閩北上，次年五月抵京就任，即上疏言閩事，“又陳用兵機(jī)宜六事”，受到順治帝的重視和賞識(shí)。正當(dāng)周亮工在京師官場(chǎng)十分得意的時(shí)候，順治十二年（1655）七月，浙閩總督佟岱上疏彈劾周亮工�；实劢抵迹�革去周亮工職務(wù)，“赴閩質(zhì)審”。
　　佟岱為什么要彈劾周亮工？周亮工為什么由堂堂左副都御史變成了階下囚？周亮工本人認(rèn)為那是因?yàn)橘♂窂埞诶畲�，錯(cuò)誤地把另一個(gè)姓周的官吏當(dāng)作是周亮工，責(zé)怪他沒(méi)有于海途中與佟相遇時(shí)過(guò)船恭候。（其實(shí)周亮工那次走陸路，根本未與佟相遇。）佟索賄未遂，惱羞成怒，于是故意陷害。加上周平時(shí)得罪了浙帥馬進(jìn)寶和泉帥馬得功，于是他們?nèi)�人�?lián)合起來(lái)，誣告周貪而且酷，鍛煉成獄，置周于死地。這是把封建統(tǒng)治階級(jí)內(nèi)部官場(chǎng)上復(fù)雜的政治斗爭(zhēng)看成是由生活小事引起的個(gè)人之間的恩恩怨怨。為周亮工立名宦傳韻林佶（1660一？，字吉人，號(hào)鹿原，侯官人，康熙進(jìn)士，授內(nèi)閣中書(shū)，著《樸學(xué)齋集》。）則認(rèn)為周之所以革職受審，是因他上疏言閩事，極陳鄭成功父子“逆狀”，首論除降寇鄭芝龍，又陳用兵機(jī)宜六事。世祖皇帝深嘉納，而公禍基此矣。……世祖密下公疏于部，遂執(zhí)芝龍下獄。芝龍知公發(fā)其事，乃大恨，揮金謀報(bào)公，適督閩者方修怨撼公，一二巨帥向與公甚奇世乞者爭(zhēng)相媒孽，飛章上告，公遂聽(tīng)勘�！薄肚迨妨袀鳌返恼f(shuō)法與林佶的說(shuō)法又不同：
　　亮工任按察司時(shí)，福建武舉王國(guó)弼及貢生馬際昌、穆古子、蔡秋浦、蔡開(kāi)南，史東來(lái)等創(chuàng)立南社、西社，蘭社，黨類(lèi)繁眾，作奸犯科，亮工申請(qǐng)督撫勘明定罪，勒石南臺(tái)，列際昌及余黨姓名。尋際昌，秋浦、國(guó)弼、開(kāi)南四人斃于獄。是年（1665）五月，督臣佟岱抵任，際昌等親屬具牒辯冤，佟岱列亮工貪酷諸軟以聞，命亮工回奏，尋解任，赴福建聽(tīng)質(zhì)�！�…先是，亮工未就質(zhì)時(shí)，按察使田起龍等據(jù)證佐定讞，謂亮工得贓四萬(wàn)余兩，應(yīng)擬軒籍沒(méi)。及亮工至，質(zhì)問(wèn)皆虛。
　　周亮工一案由于前后讞詞不一，在閩在京反復(fù)審理，歷時(shí)六年（1655—1660）才結(jié)案，牽連所及近千人，不但被告，原告及有關(guān)證人受審查，連在福建為周工平反的司法人員，如有關(guān)州府的司理等，也被押送至京師對(duì)質(zhì)審查。全串牽連致死者十?dāng)?shù)人。（周亮工在《賴(lài)古堂詩(shī)集序》中說(shuō)：“案驗(yàn)六年，為公拷掠垂斃者百余人，斃三木下者十?dāng)?shù)人，有司白公冤死道路者一人，瘐死者二人�！保┲芰凉び讵z中自分必死，請(qǐng)同獄黃濟(jì)叔刻“又活一日”印一枚。最終以案情不實(shí)，無(wú)罪釋放�？滴踉�年（1662）十月，“補(bǔ)山東青州海防道，五年調(diào)江南江安糧道，八年漕運(yùn)總督帥顏保劾亮工縱役侵扣諸款，得旨革職逮問(wèn)論絞。九年復(fù)遇赦得釋?zhuān)�十一年�?672）死。”
　　當(dāng)年浙閩總督佟岱以“貪酷”諸款彈劾周亮工，縱觀周亮工寓閩八年的宦情，周確是酷吏，但未必是貪官。他重視文化，尊重人才，對(duì)福建的文化開(kāi)發(fā)有一定的貢獻(xiàn)。